Является ли данный договор договором аренды транспортного средства?

Здравствуйте, Эдуард!

Если Ваша организация с помощью данного ТС просто оказывает услуги заказчику, то никакого перехода права собственности на ТС здесь нет и быть не может.

Проблема в другом. В соответствии с условиям п. 1.9. Декрета № 6 «О стимулировании предпринимательской деятельности на территории средних, малых городских поселений, сельской местности», если ТС будет передано в пользование постороннему лицу (и этот факт будет установлен контролирующими органами), то Вашей организации придется «вернуть» все полученные ранее таможенные льготы.

Тот факт, что за заправку ТС платит заказчик, не означает, что ТС передано постороннему лицу (работнику заказчика) в пользование. Если ТС на заправку пригнал Ваш штатный водитель, а работник заказчика произвёл оплату топлива, то нарушения условий Декрета № 6 здесь нет. Доказательством факта того, что ТС в момент заправки управлял именно Ваш штатный водитель (а не работник заказчика) может служить, например, путевой лист или ТТН, в которой указан Ваш водитель.

Но если управлять ТС будет работник заказчика, и этот факт попадет в поле зрения контролирующих органов (или в ТТН или путевом листе будет указано постороннее лицо), то у Вас будут проблемы.