Здравствуйте, Андрей!

Да, действительно, в Вашем случае необходимо написать заявление (ходатайство) в налоговую с просьбой приобщить к материалам дела недостающую накладную. Также в нём необходимо описать ситуацию в деталях и указать, что Вы просили дать 1 час на предоставление накладной, а проверяющий Вам отказал. Если налоговая откажется принимать и регистрировать Ваше заявление с приложенной накладной (а так нередко бывает) — то можно направить его заказным письмом с описью вложений (опись вложений в 2-х экз. заверяет почта и один экземпляр описи отдается Вам).

Установленной формы ходатайства не существует (т.е. составляется в произвольной форме). Если нужна помощь в его составлении — обращайтесь, сделаем.