Здравствуйте, Дмитрий!

Да, при получении заимодавцем (т.е. Вами) возврата выданного займа — налогов у заимодавца не возникает.

Т.е. забрать деньги, внесенные ранее по договору займа, вы сможете без уплаты налогов.

Но вносить деньги на счет ООО в данном случае надо не как «пополнение счета», а как «передача займа».

Если Вы уже внесли как «пополнение счета», то оформите сопроводительное письмо для ООО о том, что внесенные по квитанции такой-то денежные средства в такой-то сумме с ошибочным указанием цели «пополнение счета» являются займом, внесенным по договору такому-то.