Здравствуйте, Наталья!

1. Если Вы откроете новое ООО и присоедините к нему (т.е. поглотите) первое ООО с «декретным» транспортом до истечения 5 лет с даты помещения этих автомобилей под таможенную процедуру выпуска для внутреннего потребления, то Вам придется уплатить прольготированные ранее таможенные пошлины и ввозной НДС, а также пеню.

2. Получить лицензию на филиал не получится, так как лицензия выдается не лично филиалу, а самому ООО. Поскольку Ваше ООО лишено лицензии за грубые нарушения лицензионного законодательства, то обратиться в лицензирующий орган за новой лицензией оно сможет только через год со дня прекращения действия лицензии.