Безвозмездное пользование нежилым помещением
Здравствуйте, Александр!
Договор безвозмездного пользования не запрещен, но в последнее время налоговые органы негативно относятся к безвозмездным сделкам (могут доначислить налог на рыночную сумму арендной платы). Поэтому лучше заключить договор аренды (т.е. второй вариант).
Нюанс в том, что, учитывая, что вы являетесь и арендодателем, и директором арендатора — договор от имени ООО следует подписать другому лицу по доверенности.
Если физлицо будет сдавать два нежилых объекта в аренду разным лицам, то это является предпринимательской деятельностью (т.е. её нужно осуществлять еее как ИП).
Как вариант — физлицо может сдать в аренду своему юрлицу всё помещение, а юрлицо может сдать часть помещения в субаренду самозанятому (но тогда юрлицо не сможет применять УСН).