Здравствуйте, Вероника!

Если исходить из того, что машина принадлежит организации, а работник, о котором идёт речь в вопросе — это работник этой же организации, то ситуация следующая:

если работник не согласен в добровольном порядке выплатить причиненный организации ущерб, и не согласен на то, чтобы сумма ущерба была удержана из его заработной платы, то взыскать с него сумму причиненного организации ущерба можно только в судебном порядке. Для этого необходимо определить размер ущерба — т.е.  провести экспертизу (независимую оценку) размера вреда, причиненного  автомобилю,  произвести восстановительные работы и скомплектовать документы, подтверждающие факт наличия затрат на восстановление автомобиля (договор, платежные документы, акт выполненных работ) и обратиться в суд с исковым заялением о взыскании с работника ущерба, прининенного нанимателю.

Если судом будет установлено, что в причинении ущерба виновен именно этот работник, то с него будут взысканы стоимость нанесенного ущерба и затраты организации на проведение экспертизы (оценки размера вреда), а также затраты организации на уплату государственной пошлины на рассмотрение судом дела.